Bis ins 18. Jahrhundert diente das Kloster den Bamberger Dominikanern als Ordenshaus und zu repräsentativen Zwecken. Mit der Säkularisation verloren jedoch auch die Franziskaner ihren Besitz in der Domstadt. Ihr Kloster diente unter bayerischer Herrschaft fortan für militärische Zwecke – als Lazarett, Artilleriedepot und Magazin der Militärverwaltung. Heute gehört die Dominikanerkirche zu den Gebäuden der Otto Friedrich Universität Bamberg und wird als Aula genutzt.